A kényelem ugyanakkor veszélyforrásokat is okozhat. Ezek egy részét érezzük (pl. megfázás) és egy részét pedig észre sem vesszük közvetlenül. A klímaberendezésekből nem kívánt mikroorganizmusok kerülhetnek az utastérbe, mint például penészgombák, baktériumok.
Főként a tavasz beköszöntével fokozódik a veszély, amikor újra rendszeres használatba vesszük a klímát és az időközben megtapadt kórokozók leválnak a belső rendszerekről és az utastérbe jutnak. Ezek belélegzése fáradékonyságot, hörghurutot, allergiát és más légúti megbetegedéseket okozhat. Általában súlyosbítja a helyzetet, hogy a klímaberendezés amúgy is száraz, hideg levegőt juttat az utastérbe, ami fokozottan igénybe veszi a szervezetet.
 

Ugyan a baktériumok, gombák elszaporodását csökkenti, ha rendszeresen (2-3 hetente még télen is) járatjuk a klímaberendezést, de a fertőző gombákat, baktériumokat csak megfelelő klímatisztítással lehet eltávolítani. A klímatisztítást így célszerű évente legalább egy alkalommal megtenni elsősorban a nyári rendszeres használat előtt. A tisztításnál ügyelni kell arra, hogy nem csak a levegőjáratokat, hanem a párologtatót is fertőtleníteni kell és nem árt a pollenszűrő cseréje sem.

A habosító fertőtlenítők általában nem érik el a levegőjárat minden részét, így azok használata nem nyújt teljes védelmet. Az általunk alkalmazott sűrített levegős módszernél 5-6 bar nyomással nemcsak fertőtlenítjük, hanem le is mossuk a hőcserélő rendszerét.